在陸運系統方面，距園區約4公里處有路竹、岡山交流道可銜接中山高速公路;台一號省道貫穿路竹基地;距2公里處可接台17號省道;約4公里接台28號省道及186縣道;西部縱貫鐵路停靠路竹站及岡山站，陸運系統快速且便捷;未來高雄捷運紅線由高雄市往北經岡山延伸至路竹，縮短園區與高雄都會區通車距離。
空運方面，園區至台南機場約15公里，可聯絡國內各大城市，至國際航線的高雄，小港機場約30公里;海運方面，高雄港約於25公里處，為全台灣最大、世界第四大的國際港口，提供龐大的海運服務。 南部科學園區發展至今積極整合南部學研界之研發能量，其中在大學院校方面，已經有多所學校參與合作計畫，包含高雄醫學大學、成功大學、義守大學等；另外，也與全台具有相當研發動能之研究機構，密切合作與產業升級如金屬工業研究發展中心、工研院南科分院、中研院南部生物技術計畫中心等財團法人研究機構，透過園區周遭之學術研發單位的技術能量輔導周邊產業升級後再引進園區，並就近提供研發所需相關材料、製造技術、檢測與驗證之設備與能量，透過南部科學園區之研究平台整合，使醫療器材產業再升級。

自行開車
中北部的朋友可選擇下列路線，但建議採取第二條路線，會比較順暢，連沿途的休息站都比較新穎美觀，是最適合旅遊的路線。

國道一號
沿著國道一號即可抵達高雄，共計有鼎金系統(362K)、高雄(367K，可下到九如路或建國路)、中正路(368K)、瑞隆路(370K)、五甲(372K，可下到中山路)以及高雄端(373K，中山高速公路末端)六個地方可下交流道。

國道三號
南下至燕巢交流道(383K)，轉國道十號往高雄方向，由鼎金系統轉國道一號。

東部的朋友可選擇南部橫貫公路及南迴公路兩個方向
南部橫貫公路 沿著南部橫貫公路(省道20號)前進，過桃源、寶來至荖濃，從這裡可以分為兩條： 1.繼續沿著(省道20號)前進，至甲仙接(省道21號)，過杉林，到底轉(省道3號)往旗山，可接(國道10號)上高速公路。 2.於荖濃轉往(省道27號)，至六龜轉(省道27甲)，沿著荖濃溪過新威接(省道28號)，繼續前進，不進美濃，到底可轉(省道3號)往旗山，可接(國道10號)上高速公路。  

南迴公路
沿南迴公路(省道9號)至楓港北上接(省道1號)，至水底寮走右邊(依然是省道1號)，沿路前進過新埤，注意路標左轉上南州交流道(國道3號)，往北至竹田系統轉(國88快速道路)，到底即可接(國道一號)。

搭乘客運
客運是最方便的交通工具，目前到達高雄的有以下幾家客運公司。

高雄捷運
高雄捷運已經通車，紅線由小港機場經勞工公園、三多商圈、中央公園、美麗島、火車站至凹子底、高雄巨蛋、生態公園、左營、楠梓加工區、高雄都會公園、橋頭糖廠、岡山等地區，橘線從大寮、鳳山國中、大東、鳳山、鳳山西站、衛武營、技擊館、五塊厝、高雄市文化中心、信義國小、美麗島(與紅線交叉)、高雄市議會、鹽埕埔、西子灣站！

搭乘高鐵
高鐵是現在最熱門的交通工具了，目前最南端只到左營站，如要從高鐵左營站前往墾丁，可以搭乘高雄客運及屏東客運聯營的『墾丁列車』。

台南高鐵站到台南火車站接駁交通工具：

高鐵台南站的接駁公車四條主要路線及停靠站 :
H61台南科學園區~高鐵台南站 :南科、高鐵台南站
H31安平工業區~成功大學~高鐵台南站 : 安工區、億載金城、港濱歷史公園、維悅統茂飯店、台南飯店(台南火車站)、成功大學、崑山科技大學、 高鐵台南站
H62高鐵台南站~奇美醫院 : 高鐵台南站、仁德、永康、永康工業區、鹽行(台南科技大學)、南台科技大學、奇美醫院
H32安平工業區~台南市政府~高鐵台南站 : 安工區、台邦商旅、台南市政府、大億麗緻、長榮桂冠酒店、台糖嘉年華、高鐵台南站

高鐵台南站
台南飯店(台南火車站)票價為40元 , 時間約40分鐘 搭計程車約400元
高鐵台南站 台灣高鐵台南站 位在：台南縣歸仁鄉 地處在嘉南平原的南緣，鄰近台南市東南方。 高鐵服務範圍還涵蓋了台南縣、台南市、高雄市鄰近鄉鎮等地區。